Analisis fungsional merupaka salah satu poin kritis dalam penentuan kewajaran harga atau margin laba transaksi yang dilakukan oleh pihak-pihak yang memiliki Hubungan Istimewa. Penerapan analisis fungsional dalam rangka penentuan metode harga transfer yang paling sesuai (the most appropriate method) seringkali menimbulkan sengketa antara Direktorat Jenderal Pajak (DJP) dan Wajib Pajak. Skripsi ini mengidentifikasi bagaimana penentuan fungsi, aset, dan risiko industri manufaktur, mengetahui bagaimana karakterisasi jenis industri manufaktur sebagai output analisis fungsional, serta bagaimana penerapan analisis fungsional dalam penentuan metode transfer pricing transaksi hubungan istimewa industri manufaktur. Analisis sehubungan dengan praktik transfer pricing transaksi Hubungan Istimewa ini didukung dengan pendekatan eksploratif dan pendekatan deskriptif, dengan mengacu pada pedoman OECD TP Guideliness and local domestic law yang berlaku di indonesia.

Dari hasil penelitian diperoleh kesimpulan bahwa (1) Identifikasi fungsi, aset, dan risiko Wajib Pajak dapat dilakukan Pemeriksa dengan mempelajari beberapa sumber informasi, antara lain bagan organisasi, daftar seluruh pegawai, deskripsi tugas, dan kewenangan pegawai yang terlibat dalam fungsi, laporan keuangan auditan, laporan keuanga tersegmentasi (baik segmentasi fungsi maupun segmentasi independensi), dan TP documentation; (2) Terdapat tiga karakteristik industri manufaktur, yakni toll manufacturing, contract manufacturing, dan fully fledge manufacturing; dan (3) Karakteristik hasil analisis fungsional merupakan salah satu faktor penentu kesebandingan yang berdampak pada penentuan metode yang paling sesuai (the most appropriate metjod). Ketidaktersediaan data pembanding yang memiliki karakteristik jenis industri sama menyebabkan beberapa metode tidak dapat diaplikasikan.